Sejarah Jemaat GPM Halong tidak dapat dilepas-pisahkan
dari sejarah Negeri Halong. Masyarakat Halong memeluk agama Kristen seiring
dengan masuknya Bangsa Portugis dan Belanda. Awalnya masyarakat Halong beragama
Islam dibawah pemerintahan Raja Simalauw yang adalah moyang dari keluarga
Tupenelay. Masyarakat Halong memeluk agama Kristen Protestan pada masa
pemerintahan Kolonial Belanda. Proses keagamaan diawasi langsung oleh
pemerintah Belanda. Raja-raja Halong yang memerintah setelah masuknya agama
Kristen yakni; 1. Alfons Tupenanaly – Oktober 1626; 2. Anthonie Tupenelay –
1767; 3. Elias Jozua Tupenelay – 19 Februari 1776.
Pada tahun 1851 dibawah pemerintahan Jozua Matheys
Tupenelay bersama dengan kedua kepala soa, masing-masing Nicodemus Sutrahitu
dan Djomodil Latulokar, mereka mengusahakan tempat peribadatan sementara di
Halong Utang (sekarang kompleks Lantamal Ambon) yang kemudian disebut ”Gereja
Tolongan”, yang terbuat dari bambu dan daun sagu.